La sede Amazonia tiene como propósito principal aportar activamente al bienestar de la Amazonia colombiana por medio de la eficiente prestación de servicios académicos de investigación, docencia y extensión de alta calidad y relevancia, que contribuyen a la resolución de los problemas y a la satisfacción de las necesidades regionales, sin perder de vista el contexto nacional e internacional.

• Contribuir al mejoramiento de las condiciones ambientales, económicas y socioculturales de la Amazonia de una forma autónoma y con respeto para la diversidad biótica, social y cultural de la región.
• Fortalecer la educación básica y media de la región, particularmente la educación publica bajo condiciones de equidad en el acceso y la ampliación de su cobertura, sin sacrificar la calidad y promoviendo nuevos modelos pedagógicos y tecnologías educativas mas adecuados para las circunstancias geográficas y socio culturales de la Amazonia.
• Formar profesionales, posgraduados e investigadores integrales de alta calidad, con capacidad para la reflexión critica y comprometidos con la región a través de programas curriculares cualificados, pertinentes y evaluables que incorporen los resultados de la investigación.
• Generar conocimiento sobre la Amazonia en todas sus facetas, desde múltiples perspectivas  disciplinarias con el fin de que sea divulgado y aplicado para la resolución de los problemas de la región y para la satisfacción de sus necesidades.
• Difundir y aplicar el conocimiento generado sobre la Amazonia en actividades de extensión dirigidas a instituciones publicas, privadas y de la sociedad en general, con el fin de beneficiar sectores de la población no cubiertos por los programas curriculares ofrecidos por la universidad.
• Promover relaciones y redes académicas con las distintas sedes de la universidad nacional de Colombia, con otras universidades y centros de investigación a nivel regional, nacional e internacional para el fortalecimiento mutuo de las capacidades de docencia, investigación y extensión en la Amazonia.