Aunque el Centro de Telemedicina no existía oficialmente antes de 2002, algunos miembros de la Facultad de Medicina iniciaron actividades en telemedicina en 1998. A comienzos de 2001 la Universidad estableció un acuerdo de cooperación con ITEC-Telecom gracias al apoyo de Conciencias, y se estableció la red de telemedicina Bogotá – San Andrés – Providencia. Entre los proyectos iniciales se incluía el “Proyecto piloto de telemedicina Apaporis – Leticia – Bogotá”, desarrollado entre 2002 y 2004 y patrocinado por la Dirección de Hospitales en Paris, el ministerio francés de relaciones exteriores y la Facultad de Medicina. Desde 2003, el centro es parte del proyecto Alis (Alliance for the Information Society): “Telemedicina basada en la evidencia, para zonas remotas y rurales, utilizando plataformas de telesalud”; en cooperación con el instituto IBMT Fraunhofer entre otros. Hoy, el Centro de Telemedicina incluye más de 20 miembros permanentes de la Facultad de Medicina y de otras facultades, investigadores asociados y estudiantes de pregrado y posgrado en diferentes disciplinas. Actualmente las investigaciones en el Centro se enfocan hacia la imagenología médica y la gestión y comunicación de información médica.