La Universidad Nacional de Colombia nació en la segunda mitad del siglo XIX (septiembre 22 de 1867), en el escenario propio del radicalismo liberal, cuando se quiso poner límites al principio absoluto de la libertad de enseñanza que había permitido la aparición de no pocas instituciones universitarias de pésima calidad científica y académica, para introducir la suprema inspección y vigilancia estatal de la instrucción pública.

Era la época que oponía a la orientación escolástica las nuevas tendencias dominantes entonces en materia de método científico que tuvo, entre otros protagonistas, a los primeros Rectores de la Universidad, Ezequiel Rojas y Manuel Ancízar. En el ambiente propio de la Regeneración, la Universidad fue satanizada por haberse erigido, fiel a su misión, como escenario de ideas críticas, imputándosele la causalidad de la inestabilidad política y de la desazón social que rodeó el proceso de la nueva Constitución de 1886. Debido a ello, la Universidad regresó al control directo del Estado, y perdió tanto su limitada autonomía como su unidad académica. Sin embargo, la idea de Universidad continuó siendo proclamada por quienes, como Rafael Uribe Uribe, estimaban que debería ser siempre nacional; moderna, actual y evolutiva; experimental y unificadora.

Años más tarde, en los veinte, la Universidad reaccionó recogiendo los ideales del movimiento universitario de Córdoba, hasta renacer con nuevo ímpetu bajo la República Liberal, gracias a las orientaciones de la concepción intervencionista del Estado y al liderazgo del Presidente Alfonso López Pumarejo. Y es bajo la concepción que de ella se tuvo en 1935, con los ajustes y adecuaciones efectuados en 1963, 1980 y, más recientemente, en 1993, que la Universidad históricamente ha estado ligada en forma muy estrecha, con las limitaciones que siempre se le han impuesto, al acceso de los estratos inferiores a la educación superior de calidad, a las actividades de recepción, transformación y creación en los órdenes científico, tecnológico y artístico; al estudio de los problemas de la comunidad nacional, y a la reflexión crítica sobre sus más sentidas urgencias.