Sede Medellín
En 1936, mediante Acuerdo No. 131 del Consejo Superior, se incorporó a la Universidad la Escuela Nacional de Minas (creada en 1886); dos años más tarde también se incorporó la Escuela de Agricultura tropical de Medellín, y es hoy la Facultad de Ciencias Agropecuarias. Entre 1954 y 1975 se crearon las Facultades de arquitectura, Ciencias y Ciencias Humanas estableciendo una nueva estructura académica para la Sede.

Sede Manizales:
Se consolidó con la creación de la Facultad de Ingeniería en 1948, la cual ha dado paso hoy a las Facultades de "Ingeniería y Arquitectura" y de "Ciencias y Administración".

Sede Palmira:
La Facultad de Ciencias Agropecuarias de la sede de Palmira, remonta su origen a la Escuela Superior de Agricultura Tropical fundada en 1934 mediante Decreto No. 262; su incorporación a la Universidad Nacional se realizó por escritura pública por medio de la cual el Departamento del Valle cedía el establecimiento a la Universidad Nacional

Sede Leticia:
En diciembre de 1989, la Universidad Nacional de Colombia creó la Estación Científica de Leticia, como un pequeño centro ínter facultades para el apoyo de la investigación, docencia y extensión universitaria en el Amazona.

El 16 de febrero de 1994 el Consejo Superior mediante el Acuerdo 013 convirtió la Estación Científica en la Quinta Sede de la Universidad con lo cual se puso en marcha la Política en Zonas de Frontera de la Universidad Nacional

Sede San Andrés:
Fue creada mediante el Acuerdo No 6 del 30 Enero de 1997, en desarrollo del Decreto Ley 1210 del 28 de Junio de 1993, que faculta a la Universidad para crear sedes con el fin de fortalecer las redes académicas regionales, nacionales e internacionales y para desarrollar programas o proyectos específicos en cooperación con otras universidades estatales u oficiales.

Sede Arauca:
Creada con el Acuerdo 40 de 1996 con las facultades de Enfermería e Ingeniería Ambiental. Con el acuerdo 24 del 97 se creó el Instituto Orinocense.