El gobierno universitario y la dirección de la Universidad Nacional de Colombia están reglamentados mediante el Decreto Presidencial 1210 de 1993 y mediante el Estatuto General de la Institución, Acuerdo 13 de 1999 del Consejo Superior Universitario. La Universidad está organizada académica y administrativamente en tres niveles de dirección y gobierno:

Nivel Nacional

Constituido por el Consejo Superior Universitario, la Rectoría General y sus dependencias, el Consejo Académico y la Secretaría General. A este nivel también pertenecen las Vicerrectorías General y Académica y sus dependencias, las Oficinas de Planeación, Control Interno y Jurídica a Nivel Nacional y la Oficina de Relaciones Internacionales e Interinstitucionales.
En términos generales, en este nivel se definen políticas, programas y proyectos para toda la Universidad en su conjunto.

Nivel de Sede

Integrado por el Consejo de Sede, la Vicerrectoría o Dirección de Sede. En este nivel se agrupan y coordinan las facultades y se establece y ejecuta el Plan de Desarrollo de cada sede, el cual es coherente con el Plan Global de Desarrollo de la Universidad.

Nivel de Facultad

Compuesto por el Consejo de Facultad y las Decanaturas. Las Facultades están constituidas por Institutos, Centros y Escuelas o Departamentos llamados Unidades Básicas de Gestión Académico-Administrativa (Acuerdo 010 de 2000, del Consejo Superior Universitario). Cada facultad ejecuta su propio Plan de Desarrollo en armonía con el de la respectiva sede.

También cuenta con tres Unidades de Servicio:

• Unidad de Servicios de Salud - Unisalud, que presta servicios integrales de salud para beneficio de su comunidad docente y administrativa.
  
  
• Unidad de Medios de Comunicación - Unimedios, que a través de UN Periódico (con un tiraje de 175.000 ejemplares al mes), UN Radio (98.5 F.M. Stereo) y UN Televisión, establece un constante diálogo de saberes y lenguajes tanto al interior, como al exterior de la Universidad.
  
  
• Unibiblos, que consolida las actividades de edición, impresión y distribución de libros y revistas; ha editado más de mil títulos en diferentes disciplinas, lo que es un reflejo de la actividad académica al interior de la Universidad y sus publicaciones tienen una amplia difusión entre el público en general.