El programa de Integración Regional busca unificar esfuerzos técnicos, científicos y humanos encaminados a apoyar a todos los sectores productivos de la región, así como a generar y promover proyectos de innovación y desarrollo enfocados hacia la propuesta de alternativas a necesidades tecnológicas reales en todos los ámbitos. La Universidad ha emprendido 4 megaproyectos que buscan fortalecer la integración con la región: ParqueSoft, Parque tecnológico de la Sede Bogotá 2010 – 2012, Alianza Universidad Empresa Estado Bogotá Región y Proyecto de Innovación, Gestión y Transferencia del Conocimiento.