El Consejo Superior Universitario es la máxima autoridad de dirección y gobierno de la Universidad. Está integrado en la forma establecida en el artículo 11 del Decreto Extraordinario 1210 de 1993:

1. El Ministro de Educación Nacional o el Viceministro, quien lo presidirá.
2. Dos miembros designados por el Presidente de la República, uno de ellos egresado de la Universidad Nacional de Colombia;
3. Un ex Rector de la Universidad Nacional de Colombia, que haya ejercido el cargo en propiedad, elegido por los ex Rectores;
4. Un miembro designado por el Consejo Nacional de Educación Superior, CESU, de terna presentada por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología;
5. Un miembro del Consejo Académico, designado por éste;
6. Un profesor de la Universidad, que tenga al menos la categoría de asociado, elegido por el profesorado;
7. Un estudiante de pregrado o de posgrado, elegido por los estudiantes;
8. El Rector de la Universidad, quien será el Vicepresidente del Consejo, con voz pero sin voto.

Las funciones que debe ejercer fueron establecidas, entre otros, por el Artículo 14 del Acuerdo 011 de 2005 - Estatuto General -.